«Вестник Санкт-Петербургского университета. Медицина» был создан в конце 2005 года, свое современное название получил в 2018 году. Первый номер вышел в марте 2006 года под названием «Вестник Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 11. Медицина».
Журнал публикует работы российских ученых из различных медицинских организаций, университетов, научных институтов, в том числе медицинского факультета и факультета стоматологии и медицинских технологий Санкт-Петербургского государственного университета, а также результаты исследований авторов из зарубежных медицинских организаций и университетов стран ближнего и дальнего зарубежья, которые охватывают основные области фундаментальной и прикладной медицины.
Основной идеей выпуска журнала является знакомство медицинской общественности с результатами оригинальных, ранее не опубликованных исследований как российских, так и зарубежных ученых, в том числе выполненных по результатам реализации совместных проектов зарубежными учеными, учеными СПбГУ и других российских университетов.
Журнал включен в перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, рекомендованных Высшей аттестационной комиссией Министерства образования и науки РФ для публикации основных научных результатов диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата наук по медицине.
Журнал размещен на ресурсах: EBSCO, Ulrich’s Periodicals Directory, eLIBRARY.ru, EastView, КиберЛенинка.